공손수(公孫樹)·행자목(杏子木)이라 하며 잎의 모양이 오리발을 닮았다 하여 압각수(鴨脚樹)라고도 한다. 중국 원산으로 현재 저장성[浙江省]에 약간 자생하고 있으며 한국·일본의 고산·고원지대를 제외한 온대에 분포한다. 높이는 5~10m이나 50m에 달하는 것도 있다. 

나무껍질은 회색으로 두껍고 코르크질이며 균열이 생긴다. 가지는 긴 가지와 짧은 가지의 2종류가 있다. 잎은 대부분의겉씨식물[裸子植物]이 침엽인 것과는 달리 은행나무의 잎은 부채꼴이며 중앙에서 2개로 갈라지지만 갈라지지 않는 것과 2개 이상 갈라지는 것 등이 있다. 잎맥은 2개씩 갈라진다. 긴 가지에 달리는 잎은 뭉쳐나고 짧은 가지에서는 총생한다. 
 

은행나무는 암수의 구분이 있다. 암나무는 수나무에서 날아온 꽃가루가 있어야만 열매를 맺는다. 꽃은 4월에 잎과 함께 피고 2가화이며 수꽃은 미상꽃차례로 달리고 연한 황록색이며 꽃잎이 없고 2~6개의 수술이 있다. 암꽃은 녹색이고 끝에 2개의 밑씨가 있으며 그 중 1개가 종자로 발육한다. 화분실(花粉室)에 들어간 꽃가루는 발육하여 가을에 열매가 성숙하기 전 정자(精子)를 생산하여 장란기(藏卵器)에 들어가서 수정한다. 

열매는 핵과(核果)로 공 모양같이 생기고 10월에 황색으로 익는다.  중과피는 달걀 모양의 원형이며 2∼3개의 능(稜)이 있고 백색이다. 열매가 살구 비슷하게 생겼다 하여 살구 행(杏)자와 중과피가 희다 하여 은빛의 은(銀)자를 합하여 은행이라는 이름이 생겼다. 이 종자를 백자(白子)라고 한다. 바깥껍질에서는 악취가 나고 피부에 닿으면 염증을 일으키는데, 이는 열매의 껍질에 은행산(ginkgoic acid)과 점액질의 빌로볼(bilobol) 성분이 있기 때문이다. 

은행나무는 전통적으로 나무에 열매가 열리는지의 여부로 암수를 감별해 왔는데, 은행나무는 30년 이상 일정 기간 이상 자라야 열매를 맺을 수 있어 어린 묘목의 암수 감별이 어려웠다. 까다로운 암수 감별 탓에 가로수로 암나무를 심어 악취피해가 일어나는 경우가 많이 발생하기도 했다. 그러나 2011년 6월 산림과학원이 수나무에만 있는 유전자인 SCAR-GBM을 발견했고, 1년 이하의 묘목의 암수 감별이 가능해졌다. 따라서 농가에는 은행 채집이 가능한 암나무를, 거리에는 악취가 풍기지 않는 수나무를 심을 수 있게 되었다.